Музей-заповедник Измайлово расположен на территории бывшего государева двора – огромного комплекса, который был построен еще при первых царях из династии Романовых и большей частью сохранился до нашего времени. Здесь можно увидеть величественный Покровский собор, уникальную Мостовую башню, Передние и Задние въездные ворота, систему прудов и служебные здания XVII-XIX веков. Основу музея составляет экспозиция «Измайлово – царская вотчина XVII века». Помимо этого на территории комплекса постоянно проводятся тематические выставки. Рядом с музеем стилизованный под старину развлекательный комплекс «Измайловский Кремль» и знаменитый Измайловский вернисаж.

Первым владельцем этих мест был шурин царя Ивана Грозного Анастасии Романовой, боярин Никита Романов. Долгое время имение переходило от одного представителя рода другому, проходило через периоды расцвета и упадка, видело пышные праздники, царскую охоту, важных гостей.

Измайлово по праву считается местом рождения русского флота, так как именно здесь царь Петр нашел легкий бот, привезенный когда-то Романову английскими купцами, а позже, спустив его на воду, всерьез увлекся мореплаванием и корабельным делом. В честь этого события здесь был установлен памятник Петру I работы Льва Кербеля. Бот теперь зовется «дедушкой русского флота» и хранится в Санкт-Петербурге, куда его перевез сам Петр I.

При царе Алексее Михайловиче Измайлово было похоже на европейский ботанический сад: здесь выращивали южные культуры – тутовое дерево, виноград, арбузы, дыни, финиковое дерево, миндаль, хлопок, перец, кизил, венгерские груши и многое другое. Царь, серьезно увлекавшийся садоводством, создал здесь питомник растений и место для отдыха вдали от городского шума. По его приказу были запружены речки и образован красивый остров, на котором возвели постройки царского дворца. Для работ были привлечены иностранные мастера – садоводы, стеклодувы, строители, ремесленники.

Центром комплекса стал величественный Покровский собор, построенный в 1671-1679 годах под руководством подмастерья Ивана Кузнечика. Там любил молиться государь. Собор украшен огромными панно из русской облицовочной плитки — изразцов и теперь считается символом всего Измайлово.

Рядом был обширный дворец, в котором собиралась боярская дума, а во времена Петра I —  заседал Сенат. По периметру стояли ледники, погреба, жилые палаты и дозорные башни. Одна из них – Мостовая башня ‒ сохранилась до нашего времени. Приземистая и мощная постройка преграждала путь к дворцу со стороны плотины. В настоящее время в башне проходят музейные выставки.

В XIX веке усадьба была перестроена и использовалась как богадельня для воинов-инвалидов. В 2007 г. она вошла в состав Московского государственного объединенного музея-заповедника.