История Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря тесно связана с памятью его основателя Святейшего Патриарха Никона. Обитель эта была любимейшей из трех основанных Святейшим Патриархом монастырей: Иверского, Крестного и Воскресенского. Здесь он прожил более восьми лет после своего удаления из Москвы и все свои силы употребил на воплощение своего замысла – создать в Подмосковье точное подобие знаменитого Иерусалимского храма Воскресения Господня, чтобы дать возможность русскому народу созерцать места спасительных страстей и Воскресения Христова не подвергаясь дорогостоящему и небезопасному путешествию на Ближний Восток.
Великое дело начатое Патриархом в 1656 году, еще во время его дружбы с Царем Алексеем Михайловичем, и продолжавшееся при его пособии даже в период охлаждения этой дружбы с 1658 по 1666 гг., почти на 14 лет приостановилось со ссылкой Патриарха в конце 1666 года, но возобновилось усердием Царя Федора Алексеевича и благодаря старанию его тетки Царевны Татьяны Михайловны в 1679 году. В его же царствование исполнилось и желание Патриарха живым или мертвым вернуться в свою любимую обитель, он получил позволение вернуться в Новый Иерусалим, но скончался на пути из ссылки и был погребен в приделе Усекновения Иоанна Предтечи Воскресенского собора 26 августа 1681 года (ст. ст.). К большому сожалению в 30-е годы советские власти вскрыли гроб Патриарха Никона и местонахождение его останков до настоящего времени неизвестно. После смерти Царя Федора Алексеевича, при котором все здание воскресенского собора было доведено до сводов, строительство продолжалось при Царях Иоанне и Петре Алексеевичах и 18 января 1685 года (ст. ст.) собор был освящен Патриархом Иоакимом. В 1686 году державные ктиторы Воскресенского собора даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.
Наследники царей, строивших собор Воскресения Христова, продолжали особенно милостиво относиться к Ново-Иерусалимской обители. В царствование Императрицы Елизаветы Петровны, после падения в 1723 году шатрового завершения ротонды, под которым находилась часовня Гроба Господня, и пожара 1726 года, клонившийся к окончательному разрушению собор в 1749-1759 годах был возобновлен по ее воле и отделан внутри лепниной по проекту и рисункам зодчего графа Растрелли, под непосредственным наблюдением настоятеля обители архимандрита Амвросия (Зертис-Каменского), скончавшегося в 1771 году в сане архиепископа. Императрица Екатерина II продолжала благоустройство Воскресенского монастыря и также пожертвовала средства для возобновления монастырских зданий после пожаров 1762 и 1792 годов.
Последующие Государи устраивали в Воскресенском соборе престолы в память рождения Наследника, Императорами Павлом и Николаем устроены два придела во имя Святого Благоверного Александра Невского (память празднуется дважды в году) и придел во имя Рождества Пресвятой Богородицы в память рождения в этот день Цесаревича Николая Александровича.
В XIX и в начале ХХ века монастырь был одним из самых популярных центров паломничества, число его посетителей особенно возросло после проведения поблизости от него Николаевской, а затем Рижской железных дорог. В 1913 году монастырь посетило около 35 000 человек, на средства монастыря были построены странноприимный дом для бедных паломников и гостиницы. О постоянном внимании Императорской семьи к монастырю и в это время свидетельствуют богатые вклады в ризницу.
К XIX веку относится начало научного изучения истории Нового Иерусалима, крупнейшим историком монастыря стал архимандрит Леонид (Кавелин), исследователь памятников христианского Востока, рукописей Нового Иерусалима, калужских древностей и надписей Троице-Сергиевой Лавры. Его фундаментальный труд «Историческое описание Воскресенского, Новый Иерусалим именуемого монастыря», изданный 1874 году содержит не только исторический очерк, но и публикацию многих ныне утраченных ценных документов XVII века. Архимандрит Леонид основал монастырский музей, в котором были выставлены личные вещи Патриарха Никона, картины, иконы, книги, ткани из собрания монастыря.
